離子交換樹脂在使用中難免會遇到一些問題，導致樹脂受到污染，嚴重的可能使樹脂不可使用在以下方面需注意。
   離子交換樹脂的再生劑不純往往混有許多雜質，尤其是燒堿中的雜質甚多，如Fe3+、NaCl、NaCO3等，對陰離子交換樹脂的污染zui為嚴重。
   當溫度高時，樹脂受氧化劑的侵蝕更為嚴重，若水中有重金屬離子，因其能起催化作用，致使樹脂加速變質。
   有機物質在水中往往帶有負電,成為陰離子交換樹脂污染的主要物質.有機物主要存在于天然水中的腐殖酸,膠團性的有機雜質,相對分子質量從500到5000的高分子化合物以及多元有機羚酸等，這些物質吸附在樹脂上，有的占據或者結合了樹脂上的活性基團，有的使樹脂的強堿活性基團堿性降低而降解，使樹脂降低了離子交換能力。這類污染從COD的監測中可以檢出。
   樹脂之間的交叉污染。在樹脂的再生過程中，如果陰樹脂中混入陽樹脂，或陽樹脂中混入陰樹脂，會形成交叉污染。